会社独自の特別休暇の取得日数を５日から控除しても良いですか？

法定の年次有給休暇に加えて、会社独自に法定外の有給の特別休暇を設けている場合には、その取得日数を５日から控除しても良いですか？

特別休暇は、会社によって福利厚生の一環で設ける休暇の制度の一つです。法律で定められている休暇ではないため、特別休暇のある会社とない会社があります。
法定の年次有給休暇とは別に設けられた特別休暇（※1）を取得した日数分については、控除することはできません。

なお、当該特別休暇について、今回の改正を契機に廃止し年次有給休暇に振り替えることは、法改正の趣旨に沿わないものです。
労働者と合意をすることなく就業規則を変更することにより特別休暇を年次有給休暇に振り替えた後の要件・効果が労働者にとって不利益と認められる場合は、就業規則の不利益変更法理（※2）に照らして合理的なものである必要があります。

※1.　たとえば、労働基準法第115条の時効が経過した後においても、取得の事由及び時季を限定せず、法定の年次有給休暇日数を引き続き取得可能としている場合のように、法定の年次有給休暇日数を上乗せするものとして付与されるものを除きます。

※2.　企業が従業員の同意を得ずに、就業規則を変更したり、就業規則を新たに制定したりすることによって従業員の労働条件を現在よりも不利益に変更する場合をいいます。

「年５日の年次有給休暇の確実な取得わかりやすい解説」（厚生労働省）https://www.mhlw.go.jp/content/000463186.pdfを加工して作成