フレックスタイム制で清算期間の途中に昇給があった場合は？

清算期間が１か月を超えるフレックスタイム制において、清算期間の途中に昇給があった場合、清算期間終了時の割増賃金の算定はどのように行えばよいですか？

割増賃金は、各賃金締切日における賃金額を基礎として算定するものであり、フレックスタイム制においても同様です。
したがって、清算期間の途中に昇給があった場合には、昇給後の賃金額を基礎として、清算期間を平均して１週間当たり40時間を超えて労働した時間について、割増賃金を算定することとなります。

ただし、清算期間を１か月ごとに区分した各期間を平均して１週間当たり50 時間を超えて労働させた時間については、清算期間の途中であっても、当該各期間に対応した賃金支払日に割増賃金を支払う必要があります。

そのため、昇給後においては、昇給後の賃金額を基礎として割増賃金を算定することとなりますが、昇給前の賃金によって賃金計算が行われる期間がある場合には、昇給前の賃金額を基礎として割増賃金を計算して差し支えありません。

出典（一部加工して作成）：「改正労働基準法に関するＱ＆Ａ」（厚生労働省）https://www.mhlw.go.jp/content/000487097.pdf